MySQL базу нужно бэкапить ежедневно.
mysqldump
mysqldump -u user -p baza > backup.sql
Стандартная консольная утилита. Автоматизируется через cron.
phpMyAdmin
Через GUI — раздел Export. .sql или .gz.
Plesk Backup
Plesk делает еженедельный бэкап автоматически, по желанию — в Google Drive.
Репликация
Для нагруженных сайтов — копия в реальном времени на второй сервер.
Проверка
Периодически восстанавливайте бэкап — убедитесь, что работает.